El origen de nuestra institución se remonta al 23 de noviembre de 1960, cuando mediante la Ordenanza Departamental N.º 42 se crea el Colegio Mixto Departamental de Bachillerato Benicio Agudelo (CODEBA), por iniciativa del diputado Danuncio Ferrari Echenique. La institución debe su nombre al ilustre sacerdote Benicio Agudelo, párroco de Tierralta entre 1956 y 1958 y un incansable líder en pro del desarrollo educativo en el departamento de Córdoba.
El colegio inició labores en 1961 bajo la rectoría del profesor Yadala Jalilie Silva con los primeros grados de bachillerato. Con el paso de los años y el crecimiento demográfico del Alto Sinú, la institución amplió su cobertura: en 1969 completó la básica secundaria bajo el liderazgo del profesor José María Gómez Padilla y se trasladó a su sede actual mediante permuta de predios con la Escuela Urbana de Varones. En 1979 graduó a su primera promoción de bachilleres (35 graduandos).
Posteriormente, mediante la Resolución N.º 001146 del 20 de septiembre de 2002 de la Gobernación de Córdoba, se formalizó la integración del plantel con las escuelas José María Córdoba y El Recreo, consolidando la actual Institución Educativa Benicio Agudelo, la cual atiende de manera articulada desde el grado transición hasta la educación media y nocturna.